Una vez establecidos los permisos para que los Capuchinos comenzaran a realizar sus actividades (sin la construcción de conventos) como había sido ordenado, hay que decir que la tarea no fue nada fácil porque ellos tuvieron que enfrentarse a condiciones geográficas y ambientales muy difíciles, así como también poder tratar y convivir con agrupaciones indígenas que allí se encontraban.
Sin embargo, la vocación de servir de esta orden religiosa logró superar esas dificultades y poco a poco se fueron desarrollando y constituyeron una organización interna que explicaremos a continuación.
En primer lugar, se establecieron dos misiones capuchinas: una en Cumaná y la otra en los Llanos de Caracas, las dos dependían de la llamada «Provincia de Nueva Andalucía» de acuerdo con la Real Cédula del 26 de octubre de 1662.
Esta decisión trajo como consecuencia una gran dificultad para administrar las dos misiones, pues la distancia entre ambas era muy grande y la geografía de aquel entonces no ayudaba a una comunicación y administración de manera efectiva.
Por tal razón, en 1668 Fray Francisco de Jerez, Provincial de Andalucía designó prefecto para ambas misiones a Fray Pedro de Berja y viceprefecto a Fray Agustín de Frías y así cada uno se ocupaba de una de las dos misiones y se podía avanzar en el proyecto que tenían pautado.
Luego de cinco años de reflexiones en la organización interna de los Capuchinos, en el nuevo mundo y en específico en estos territorios que hoy conforman Venezuela, el obispo de Puerto Rico presentó un documento ante sus superiores explicándoles la necesidad de que ya no se continuase con la práctica de que las autoridades fueran elegidas por religiosos que no están viviendo y trabajando en esa zona y que fuesen electos por los propios capuchinos que realizan actividad en los Llanos de Caracas y Cumaná.
El caso fue elevado a Madrid y el 27 de agosto de 1675 se emite una Real Cédula la cual manifiesta entre otras cosas lo siguiente:
«Hemos entendido que es conveniente que los religiosos de estas misiones elijan por sí, ellos mismos, prelados trienales y que el Comisario General les de forma y autoridad para ello y que el que fuese elegido lo visite y cele la observancia de su instituto. En esta conformidad he mandado por despacho de esta fecha al Prefecto de dichas misiones para que procedan a la elección, por sí mismos, de prelados trienales y os participen la ejecución. Hemos sabido también que algunos religiosos desempeñan comisiones de los señores Obispos que son ajenas a su carácter de misioneros, apartándolos del cumplimiento de su santo ministerio de misiones; para cortar este abuso prohibimos que en adelante ningún misionero se encargue de comisiones o empleos ajenos a la misión para que fueran enviados a las Indias. Madrid 27 de agosto de 1676”.
De esta manera por espacio de varios años las cosas fueron marchando normalmente y ya la actividad misionera se había desplegado en Caracas, Nueva Valencia, Nueva Segovia, Nirgua, El Tocuyo, Carora, Trujillo, Maracaibo, La Guaira, Las Guarenas, Victoria, San Mateo, Cagua, Turmero, Quibor, Quara, Borojo y el Tocuyo de La Costa. Hasta que el padre Manuel de Alesón en 1688 le dirige una carta al Obispo donde le manifiesta la situación que ocurre debido a que algunos de sus miembros se están tomando atribuciones que no les pertenece y que invaden el territorio de la administración de la Corona algo parecido a lo sucedido con las misiones de Jesuitas en California (Hoy California, USA), por lo que pedía que ésta situación se resolviera.
El problema que se generó fue bien importante y por ello el caso fue llevado a Europa y se envío al Padre Alesón y Fray Gabriel de Sanlúcar quienes fueron con el Comisario General en Sevilla y luego viajar a Madrid para más tarde conseguir el apoyo del Consejo de Indias sobre los reclamos realizados cuyos resultados veremos en la próxima entrega.